yRisk

Преимущество метода yRisk –
высокая диагностическая точность

Определение последовательности 42 генов с помощью метода NGS. Валидация находок методами секвенирования по Сэнгеру и MLPA.

NGS – западный стандарт в генетической диагностике наследственной онкологии

Генетический тест yRisk определяет нуклеотидную последовательность всех кодирующих участков и сайтов сплайсинга 42-х генов, мутации в которых связаны с повышенным риском развития рака, с помощью технологии секвенирования нового поколения (NGS).

Подтверждение находок осуществляется с помощью секвенирования по Сэнгеру и метода мультиплексной амплификации лигазно-связанных проб (MLPA)
Определение последовательности всех кодирующих участков генов очень важно для точной диагностики, так как мутация, повышающая риск развития рака, может произойти в любой части гена.

Американские диагностические компании: Myriad, Invitae, Color и другие также используют технологию NGS при анализе рисков развития рака.
Подробнее о методологии
Секвенирование проводится на приборе – Illumina MiSeq. Геномная ДНК выделяется из образца периферической крови. Библиотеки производятся с помощью кастомных реактивов для обогащения Roche NimbleGen. Среднее эффективное покрытие секвенирования составляет не менее 60X.

Найденные варианты классифицируются согласно стандартам интерпретации генетических вариантов American College of Medical Genetics and Genomics. Существует пять категорий вариантов: патогенные, вероятно патогенные, непатогенные, вероятно непатогенные и варианты с неопределенной клинической значимостью. В отчет включаются обнаруженные патогенные, вероятно патогенные варианты и варианты с неопределенной клинической значимостью.

Тест не позволяет выявить следующие типы генетических вариантов:
  • Мутации, связанные с экспансией ди/три/тетрануклеотидных повторов;
  • CNV (микроделеции/дупликации) не детектируются, если размер данных аберраций составляет более 100 пар оснований, но менее 4 экзонов подряд;
  • Однородительские (унипарентные) дисомии, участки потери гетерозиготности;
  • Эпигенетические мутации;
  • Сбалансированные хромосомные перестройки;
  • В некоторых случаях не выявляются мутации в генах, имеющих паралоги (псевдогены);
  • Ненаследственные (соматические) мутации;
  • Большинство мутаций в интронах за пределами канонических сайтов сплайсинга.




Список генов
Тест yRisk анализирует 42 гена, мутации в которых связаны с повышенными рисками развития того или иного вида рака: APC, ATM, BAP1, BARD1, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CDK4, CDKN2A, CHEK2, CTNNA1, EPCAM, GREM1, KIT, MLH1, MRE11A, MSH2, MSH6, MUTYH, NBN, PALB2, PDGFRA, PMS2, POLD1, POLE, PRSS1, PTEN, RAD50, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RET, SDHB, SDHC, SDHD, SMAD4, SPINK1, STK11, TP53, VHL.
Список наследственных опухолевых синдромов
  • Наследственный рак молочной железы и яичников
  • Синдром Линча
  • Наследственный диффузный рак желудка
  • Наследственная гастроинтестинальная стромальная опухоль
  • Наследственный рак поджелудочной железы
  • Семейный аденоматозный полипоз
  • Ювенильный полипоз
  • Полипоз, ассоциированный с дефектом активности полимераз
  • Наследственный синдром смешанного полипоза
  • Синдром семейных атипичных родинок и меланомы
  • Синдром Ли-Фраумени
  • Синдром множественных гамартом/Синдром Коудена
  • Синдром Пейтца-Егерса
  • Множественная эндокринная неоплазия второго типа
  • Болезнь Гиппеля-Линдау
  • Наследственная феохромоцитома/параганглиома
  • Опухоли, ассоциированный с мутациями в генах ATM, BAP1, BARD1, BRIP1, CHEK2, MRE11, NBN, PALB2, RAD50, RAD51B, RAD51C, RAD51D
Illumina MiSeq
Секвенатор Illumina MiSeq

Минимум ложноотрицательных результатов в сравнении с другими тестами

Для определения повышенного риска развития рака также используют технологию ПЦР. С помощью этого метода определяется не последовательность участка ДНК, а наличие или отсутствие ограниченного количества мутаций в гене.

Так, ПЦР-тест на наследственный рак молочной железы и яичников, использующийся в России, определяет лишь 8 мутаций в генах BRCА1 и BRCA2.

Всего в генах BRCA1 и BRCA2 описано 3000 патогенных мутаций. Известно, что только у половины российских пациенток с BRCA1/2 мутациями встречаются эти 8 наиболее распространенных мутаций (1).

У другой половины пациенток с наследственным раком молочной железы и яичников гены BRCA1/2 содержат другие, более редкие мутации, которые не детектирует ПЦР-тест, но определит метод NGS, применяемый в тесте yRisk.
8 мутаций
Определяет метод ПЦР в генах BRCA1/2
3000 мутаций
Известно в генах BRCA1/2
50%
Пациенток с мутациями в BRCA1/2 получат ложноотрицательный результат ПЦР-теста в России
98%
Мутаций определит тест yRisk
Полигенные тесты детектируют на 40-50% больше мутаций
Стандартные тесты анализируют только несколько генов, связанных с определенным синдромом, и не детектируют мутации в других генах, которые также могут повышать риск развития рака.
Ниже представлено сравнение результатов поиска мутаций у пациентов с семейной историей рака молочной железы и яичников (2).
Патогенная мутация обнаружена у
9,3% пациентов
При анализе только генов BRCA1 и BRCA2
14% пациентов
При анализе панели из 25-генов, включая BRCA1 и BRCA2
Тест yRisk vs. другие генетические тесты
Тесты компаний 23andMe, Атлас, Генотек основаны на технологии ДНК-микрочипов, которая, так же как и технология ПЦР, определяет наличие генетических вариантов в отдельных позициях гена, но делает это во многих генах одновременно.
В отличие от технологии NGS технология микрочипов не позволяет определить всю кодирующую последовательность гена и может пропустить вредоносные мутации. Поэтому генетические тесты на основе ДНК-микрочипов не используются для определения риска развития рака в медицине.
15 843 позиции в генах BRCA1/2
Тест yRisk
Определяет мутации в 15 843 позициях
Определяет мутации в 8 позициях
15 843 позиции в генах BRCA1/2
ПЦР-тест
Определяет мутации в 600 позициях
15 843 позиции в генах BRCA1/2
Микрочип
1. Tyulyandina, Alexandra, et al. "Comprehensive analysis of germline and somatic BRCA1/2 mutations in ovarian cancer population: Interim results of OVATAR prospective study." (2017): e23109-e23109.

2. Allen B, Tung N, Battelli C, et al. Prevalence of Gene Mutations among Hereditary Breast and Ovarian Cancer Patients Using a 25 Gene Panel. Poster presented at: 2014 ACMG Annual Clinical Genetics Meeting, March 25-29, 2014, Nashville, TN.
Заполните форму и перейдите к оплате
Нажимая на кнопку, вы даете согласие на обработку персональных данных и соглашаетесь c политикой конфиденциальности.
Click to order
Cart
Total: 
Имя
Email
Телефон
Нажимая на кнопку, вы принимаете публичную оферту, соглашаетесь на обработку персональных данных, даете информированное согласие на проведение исследования и соглашаетесь с политикой конфиденциальности
– Остались вопросы?
– Пишите на hello@yrisk.ru
Call Close
Оставьте свой номер телефона и мы свяжемся с вами
Или вы можете позвонить нам:
+7 (499) 499 4623
ООО "Розалинд"
ОГРН: 1177746955011
ИНН: 7736313510
Адрес
Офис в Москве: ул. Мясницкая, дом 13, стр.18.
Офис в Самаре: ул. Ново-Садовая, дом 23, офис 10.